EM菌直接或間接地作用于水產(chǎn)養(yǎng)殖對(duì)象和養(yǎng)殖環(huán)境，很好地分解養(yǎng)殖生物排泄物、殘餌以及浮游植物殘?bào)w等有機(jī)物，同時(shí)EM菌鏈在水質(zhì)凈化中通過(guò)氧化、還原、光合、同化和異化作用把有機(jī)物轉(zhuǎn)變?yōu)楹?jiǎn)單的化合物，保證水質(zhì)的正常功能，從而維持養(yǎng)殖環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)中養(yǎng)殖生物、病原、水質(zhì)間的平衡。1EM菌在碳循環(huán)中的作用EM菌參與碳循環(huán)的轉(zhuǎn)化，主要是通過(guò)它們對(duì)各種含碳化合物，特別是含碳無(wú)氮有機(jī)物的作用而進(jìn)行，其主要是常見(jiàn)的發(fā)酵和氧化作用。水環(huán)境表層有氧區(qū)氧化作用，底層無(wú)氧區(qū)無(wú)氧發(fā)酵作用使含碳物質(zhì)轉(zhuǎn)化為二氧化碳供植物光合作用利用。EM菌在氮循環(huán)中的作用養(yǎng)殖水體中的氮能促進(jìn)或限制水產(chǎn)養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)中物質(zhì)能量的轉(zhuǎn)化，也是浮游植物生長(zhǎng)限制性營(yíng)養(yǎng)元素之一。EM菌在氮循環(huán)中的作用：


　?、侔被饔煤袡C(jī)物經(jīng)EM菌分解而產(chǎn)氨的過(guò)程。氨化EM菌很多，包括細(xì)菌、放線菌和真菌等。


　?、谙趸饔眉窗苯?jīng)過(guò)亞硝酸的中間階段而氧化為硝酸的過(guò)程。硝化細(xì)菌等。


　?、鄯聪趸饔眉聪跛猁}還原為較簡(jiǎn)單的氮化物的過(guò)程。反硝化細(xì)菌等菌種。


　?、芄痰饔眉词褂坞x分子氮活化而形成氮化物的作用。養(yǎng)殖水體中的EM菌中某些微生物具有一些特殊的酶系統(tǒng)，能把一般生物不能利用的氮轉(zhuǎn)化為生物能利用的化合物形式，許多放線菌、真菌和藻類(lèi)具有這種功能。固氮菌等。EM菌在磷循環(huán)中的作用磷作為浮游植物生長(zhǎng)的限制性營(yíng)養(yǎng)元素，其對(duì)水體初級(jí)生產(chǎn)力的限制作用往往比氮更強(qiáng)。磷以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中：溶解無(wú)機(jī)磷、溶解有機(jī)磷和顆粒磷，3種形式的轉(zhuǎn)化在EM菌的作用下構(gòu)成磷的一個(gè)重要的復(fù)雜動(dòng)態(tài)循環(huán)。解磷菌。EM菌在硫循環(huán)中的作用硫以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中：氧化態(tài)-II（硫化物、硫化氫等），氧化態(tài)，氧化態(tài)+硫酸鹽。許多EM菌可用硫酸鹽作為硫的唯一來(lái)源，以氧化態(tài)把它轉(zhuǎn)變成為有機(jī)的硫氫基化合物。


　　EM菌在水產(chǎn)養(yǎng)殖水環(huán)境的修復(fù)中，碳循環(huán)中EM菌分解有機(jī)物釋放二氧化碳，經(jīng)植物的光合作用合成復(fù)雜的有機(jī)物，為底棲動(dòng)物、魚(yú)蝦蟹類(lèi)提供和多糖類(lèi)物質(zhì)；氮循環(huán)中EM菌通過(guò)氨化作用、硝化作用、反硝化作用和固氮作用把含氮物質(zhì)變?yōu)橛袡C(jī)氮，為水產(chǎn)養(yǎng)殖提供餌料和肥料等蛋白質(zhì)物質(zhì)，生成硝酸鹽為藻類(lèi)所利用，從而降低水體中的氨氣、氨氮與亞硝酸氮，起到了凈化作用；磷循環(huán)中EM菌使水中的溶解態(tài)的磷被懸浮顆粒吸咐形成顆粒態(tài)磷，經(jīng)凝絮作用轉(zhuǎn)為沉淀，有效地降低了水體的磷元素，同時(shí)也為動(dòng)物提供了其需要的磷元素；硫循環(huán)中在EM菌的作用下產(chǎn)生硫酸鹽和硫化氫等，其中硫化氫對(duì)許多需氧微生物有毒作用，同時(shí)硫化氫與金屬生成沉淀，降低了有害的硫化氫，硫酸鹽可為動(dòng)物提供需要的含硫氨基酸等。


　　因此，EM菌在碳、氮、磷、硫循環(huán)中都起了非常重要的作用，它可以促進(jìn)四大元素在生態(tài)鏈中轉(zhuǎn)化，保持了水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境的動(dòng)態(tài)平衡，從而抑制有害生物，形成有益微生物菌群，分解有機(jī)物，消除有害物質(zhì)（NH3、H2S、過(guò)量的N、P等），有效地凈化了水質(zhì)，減少水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物疾病的發(fā)生，提高其成活率，促進(jìn)養(yǎng)殖動(dòng)物的生長(zhǎng)。